قارچهاي مخمري و شبهمخمري كه در طبقهبندی مخمرهاي كوچك قرار میگیرند شامل كانديدا گلابراتا، هيستوپلاسما كپسولاتوم، پنموسيستيس جيرووسي، گونههای مالاسزيا و گونههای كمپلكس اسپوروتريكس شنكئي هستند. اندوسپورهاي بدون جوانهی كوكسيديوئيدس در زمان پاره شدن اســـفرولها و هنگامی که بهتنهایي ديده میشوند نيز در اين طبقه قرار میگیرند. فرم مخمري قارچ دوشكلي پنيسيليوم مارنفئي كه اولين بار در آسياي جنوب شرقي ديده شد نيز در همين حد و اندازه است.
كانديدا گلابراتا را با توجه بهاندازهی کوچکتر آن و ناتوانیاش در توليد هايفي يا سودوهايفي میتوان از لحاظ مرفولوژيك از ساير گونههای كانديدا تشخيص داد. اين قارچ مانند ساير گونههای كانديدا، بلاستوكونيدي توليد میکند، در كشت، کلنیهای مخمري كرم رنگ تيپيك ايجاد میکند و معمولاً موجب يك پاسخ التهابي حاد میشود. در بافت و خون میتواند به شكل عناصر خوشهای داخل ماكروفاژها ديده شود و امكان اشتباه گرفتن با سلولهای هيستوپلاسما كپسولاتوم نيز وجود دارد. هيستوپلاسما كپسولاتوم يك كپك دوشكلي گرمایي (thermal) است كه در داخل بدن و نيز هنگامی که در شرایط آزمايشگاهي مشابه دماي بدن انكوبه میشود، بهصورت مخمري رشد میکند. فرمهای مخمري اين قارچ جوانه میزنند ولي عموماً سودوهايفي توليد نمیکنند. در موارد نادر، هيستوپلاسما كپسولاتوم سودوهايفيهاي ابتدایي ايجاد میکند. اين موقعیتها شامل اندوكارديت عفوني و عفونتهای توانفرسا در بيماران با نقص ايمني اساسي (بسيار محسوس) مانند عفونت پیشرفتهی HIV است. هيستوپلاسما كپسولاتوم عموماً پاسخ التهابي گرانولوماتوزي را موجب میشود. گرانولومها ممكن است نكروزدهنده يا غيرنكروزدهنده باشند. رنگآمیزیهای هيستوشيمي مانند GMS معمولاً براي نشان دادن مخمرها در گرانولومها ضرورت دارد. در رنگآمیزی H&E، كلسيفيكاسيونها در گرانولومهاي كهنه و هيالينيزهشده با هيستوپلاسما اشتباه میشوند و بنابراين رنگآمیزیهای اختصاصي نظير GMS توصيه میشوند. فرمهای مخمري كه در ماكروفاژها و ديگر فاگوسيتها ديده میشوند ممكن است تنها پاسخ التهابي در ميزبان داراي نقص ايمني جدي باشند. اين مخمرها گاهي اوقات در فاگوسيتها در اسميرهاي خون محيطي بيماران مبتلا به فرم منتشره مشاهده میشوند. کلنیهای كپكي در كشت در دماي بين ۲۸ الي ۳۰ درجه سانتيگراد (بهطور متوسط ۳۰ درجه) رشد میکنند و ممكن است در طول يك هفته بعد از انكوباسيون و يا بعد از يك دوره انكوباسيون طولاني ظاهر شوند.